если бы на базах была одинаковая Replica ID, то тогда Unread Mark реплицировались бы по всем базам. А т.к. для текщей базы, эти письма новые, то и помечаются на непрочитанные. Так что тут ничего не поделаешь. Метод переноса кривой, но как вариант.
Если нет админправ, то наилушим вариантом было бы перенос через процедуру архивирования.