только помните, после удаления папки инбокс все письма из входящих пропадут, будут доступны только в алл документс, придется обратно руками переносить или специальным агентом.
После полного пересоздания почтовой базы такой эффект не должен наблюдаться, как вариант - проверьте, что у вас в шаблоне не задублирован дизайн.
Эффект иногда возникает из за смены языка интерфейса почтовой базы (английский интерфейс на немецкий, русский и т.п.).
Если есть важная информация - перед любыми действиями сделайте резервную копию.