Добрый день!
Вам поможет параметр в notes.ini ограничивающий максимальный размер индекса:
FTG_INDEX_LIMIT
который задается в байтах. Например, для ограничения в 10Мб вам нужно задать:
FTG_INDEX_LIMIT=10485760
По умолчанию, как вы уже сказали, он имеет значение 6Мб.