Я бы попробовал убрать задачи Update из ServerTasks и Updall из ServerTasksat2 из notes.ini и после перезапуска сервера уже без этой задачи посмотрел на загрузку по железу (команда top). Если сервер будет нормально отзываться (открывать базы), запускать задачу updall (updall -R) из консоли на каждой базе по-очереди и смотреть, на какой сервер будет "падать" (top в это время должен показать перегруз по камню или памяти). Затем пересоздал бы индекс для этой базы (вплоть до удаления папки /имябазы.ft).
ИМХО, тип файловой системы не играет особой роли (у нас большая часть серверов на reiser, часть на ext3)