Вопрос 1:
1. Проверить наличие реплик всех баз на сервере, который не будем переносить на линукс; сохраняем id сервера, который будем переносить на линукс; выводим сервер из кластера.
2. Тушим сервер, ставим линукс, ставим сервер (используя сохранённый id), вводим в кластер, делаем реплики баз
Вопрос 2:
может, и есть способ, но я его не знаю. Встречный вопрос - а зачем?
Вопрос 3:
Пользователя можно зарегистрировать на любом сервере (поменять рег сервер по умолчанию - в клиенте администратор - file - preferences - administartion preferences) или непосредственно при регистрации выбрать сервер.