Добрый день!
Это особенность Domino. Если у вас настроен ежедневный агент и вы пересохраняете его в момент времени, который позже его расписания в этот день, то он автоматически запускается.
Начиная с 7-ой версии появился параметр notes.ini, предотвращающий это:
Amgr_SkipPriorDailyScheduledRuns=1