Хмм.. У вас на втором, на новом сервере уже есть какой-нибудь настроенный функционал, который сложно перенести?
Самое простое было бы заново создать второй сервер, при этом Domino Directory, как полагается, взять с первого сервера. Тогда все настройки домена, пользователи сами перейдут на второй сервер.