Добрый вечер!
Есть функция Shell("rm -d -f /путь к каталогу/*.*"). В UNIX-подобных системах LS ждет завершения выполнения команды, в Windows - не ждет(вызов асинхронный).
При этом не забудьте, что у агента должен быть повышенный Runtime security level.
