Добрый день!
Возможно база не дефрагментирована. Проверьте количество документов во Входящих и количество документов в свойстве почтовой базы (пункт меню File->Application->Properties, вторая вкладка, пункт Documents).
Если количество примерно совпадает, то базу необходимо дефрагментировать с помощью команды Compact.
Иначе проверьте представление Все Документы, там могут находиться потерянные документы, которые можно перетащить в нужные папки.
