Ну раз никто не отвечает, рассказываю как решил проблему. В приложении Replication and Sync выбираем репликацию почты, кликаем правой кнопкой мышки, выбираем Replication History. В открывшемся окне выбираем Clear All, таким образом удаляем с сервера данные о последней дате репликации. Делаем репликацию почты и получаем все письма на локальную реплику. Правда отмечается проблема, что почему-то некоторые письма не видны и остаются только на сервере. Данную операцию приходится периодически повторять.
