Добрый день, вобщем верно. Единственное, второй вариант завязан на тип процессора и для использования своих баз во втором случае нужна клиентская лицензия Domino Enterprise CAL(195,3$).
Но, т.к. у вас до 1000 пользователей и в пределах двух серверов в кластере, то второй вариант вам в принципе не нужен.
Если документы Person уже удалены, то на эти базы никто не ссылается. Получается можно перенести средствами ОС. Только во время такого переноса сервер придется погасить.
Скорее всего при генерации сертификата использовался алгоритм хешивания SHA-1, который сейчас уязвим и блокируется новыми браузерами. Перевыпустите сертификат с использованием SHA-2.
Судя по ошибке вам нужно перевыпустить сертификат с более длинным ключом. Новые версии браузеров по-умолчанию не принимают ключи длинной 1024 и меньше.