Один сервер, он же административный, насколько я понимаю.
Тогда схема следующая:
Вариант 1.
1. Если есть возможность, обновить на Win2000 до 8-ки.
2. Установить 8-ю версию на Win2008 причем установить ее не как Additional Server, а как одиночный.
3. Запустить и настроить на Win2008 8-ку, предврительно потушив на Win2000 (id файл сервера взять с Win2000)
4. скопировать базы с Win2000 на Win2008 (основные - names.nsf, events4.nsf, admin4.nsf)
5. Запустить сервер на Win 2008, проверить работоспособность.
6. Скопировать недостающие базы файлово (сервера Domino o должны быть потушены).
7. Добавить в Notes.ini недостающие параметры, которые не установливаются по-умлочанию (например параметры отвечающие за индексацию файлов)
Вариант 2.
Всесе то же самое, только не обновляем 5-ку до 8-ки
копируем поверх names и перенакрываем дизайном 8-ки. С остальными базами так же