Папки перенести нельзя, это идентификаторы. Т.е. логика следующая, каждому письму присуждается идентификатор соответсвующей папки и он в ней отображается, своего рода вьюхи.
Корректней всего быдет сделать через процедуру архивирования, ибо метод с тупым копированием в новую базу не подойдет, потому как при создании папки в новой базе, идентификатор будет другим.
Либо, как вариант объединения двух баз - сделать одинаковым Replica ID
