Ну, примерная последовательность действий - поднять сервер на win, перенести на него cert.id, server.id, admin.id, при установке Domino подсунуть ему их.
После того как сервер установится, скопировать все .nsf из папки /local/notesdata старого сервера на новый, запустить сервер, проверить базы..