Несколько сумбурно изложена проблема. Причем тут базы (они шифровани или что-то еще с ними не так)?
Два сервера domino, тут наверное имелось ввиду, что изменения проводились одном из них. Следовательно изменения в names.nsf должны отреплицироваться на другой сервер. Так что если эти самые изменения делались на первом сервере, а коннектится клиент ко второму серверу почти сразу, то очевидно изменения еще не дошли до него. Тут либо принудительно сделать репликацию базы, либо немного подождать.
Если имеется единый вход (под одним паролем в виндоус и нотис), то тут очевидно надо задать одинаковый пароль и там и там.
Переход на Win7 никаким образом не может вызывать проблемы с паролем или вообще работой клиента Lotus Notes.