2 года назад сервера тоже переименовывались без проблем, вероятно проблемы из за того, что найти друг друга не могут. Из за чего мог сервер не запускаться неизвестно, нужно смотреть логи, дампы. Также возможно надо посмотреть раздел Ports в документе сервера, может быть там прописано именно старое имя хоста а не айпи адрес. Еще проверьте notes.ini сервера, тоже может попасться жесткая привязка.
Документы пользователям можно поменять распространив агент в письме например, стандартной возможности через политики пока нет. Через винду нельзя подменить, она не сможет изменить именно документ, в локальной книге помимо коннекшенов может быть много всего другого.