Смысл такой: база данных (в частности, почтовый ящик) - большое хранилище всяких документов, при удалении документа в ней остается пустое место, в которое в дальнейшем помещаются новые документы. Процедура компактирования удаляет такие пустые места, подобно дефрагментации дисков.