Для начала - 6-я версия на 7ке крайне небыстро работает, например.
8-я версия в отличие от 6 и 7 работает значительно шустрее (это я про почтовую базу)
Если база сторонняя, то есть смысл сделать 3 действия:
1) fixup
2) compact
3) updall
Опять-таки, если размер базы уже достаточно большой, надо как-то настроить архивацию и убрать в архив ненужные документы.